与现有的其他利用有机物产能的技术相比，生物燃料电池具有操作上和功能上的优势：首先，将底物直接转化为 电能，保证了具有高的能量转化效率；其次，现有的所有生物能处理、生物燃料电池在常温环境条件下能够有效运行； 第三，生物燃料电池不需要进行废物处理，因为它所产生的废物的主要成分是旺盛的，一般条件下不具有可再利用的能量；第四，生物燃料电池不需要输入更大的能量，因为 如果单室微生物燃料电池初步通风就可以起到补充阴极气体的作用；第五，在电力基础设施缺乏的局部地区，微生物燃料电池具有广泛应用的潜力，同时也扩大了用于满足我们对能源需求的需求 燃料电池的多样性。

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